Patrijarh u pustinji
Patrijarh Jefrem se oko 1379. povukao u pustinju i svoju dužnost predao Spiridonu, monahu iz ruskog manastira Svetog Pantelejmona na Atosu. Ipak, kada je Spiridon umro devet godina kasnije, Jefrem je popustio molbama kneza Lazara da se ponovo primi dužnosti. Upravljao je Srpskom crkvom u njeno najteže doba, posle Kosovskog boja, u kojem je poginuo i knez.
Kada se drugi put povukao, u isposničku keliju u Ždrelu, despot Stefan Lazarević je sazvao sabor u manastiru Žiča. Tada je za patrijarha izabran Danilo Treći.
Za njega se govori da je preneo telo kneza Lazara u manastir Ravanica, gde je junački knez proglašen svecem. Ipak, mnogo poznatiji je kao pisac "Pohvale knezu Lazaru", "Slova o Simeonu Nemanji", "Slova o Svetom Savi", "Žitija i službe kralju Milutinu", te stihova Svetom Simeonu i kralju Milutinu.
Danila je nasledio Sava Peti, a ovoga hilandarski iguman Kiril, koji je osveštao Manasiju, zadužbinu despota Stefana. Konstantin Filozof, biograf despota Stefana, napominje da je "Žitije Stefana Lazarevića" pisao po zapovesti sledećeg poglavara srpske crkve, Nikona. Ovaj duhovnik je 1428. izbegao od Turaka u Podunavlje kod despota Đurđa Brankovića.
Srpsku crkvu je potom, od polovine 15. veka, predvodio patrijarh Nikodim Drugi. Pre toga je bio raški mitropolit. Sačuvan je njegov pečat na naredbi da se plate obaveze isposnici Svetog Save u Kareji.
Pošto je 1459. padom prestonog Smedereva srpska despotovina prešla u ruke Osmanlija, patrijaršija u Peći i stan arhiepiskopa u Žiči su ostali van domašaja srpskih vladara.
Poslednji podaci o pećkim patrijarsima pominju Arsenija Drugog, za kojeg se zna da se bavio prepisivanjem knjiga. Ceo naredni vek do obnavljanja Pećke patrijaršije 1557. godine ostao je nerazjašnjen.
Zna se samo da se Đurađ Branković obratio vaseljenskom patrijarhu Genadiju Sholariju pitanjem da li se novi poglavar srpske crkve može postaviti ako je država izgubila vlast nad ranijim sedištem. Sholarije je odgovorio da je to dozvoljeno ako u novom mestu ne postoji neki drugi episkop.
Međutim, u vreme poslednjih smederevskih despota ohridski arhiepiskop je poneo titulu patrijarha srpskog, bugarskog i severnih strana, jer je sultan već dodelio Ohridu versku upravu nad osvojenom Srbijom.