Odlazak heroja: Jedini general koji je za Srbe bio "izdajnik", a za Hrvate "zločinac"
Takođe, Trifunović je, zajedno sa pukovnikom Berislavom Popovim, u Sloveniji optužen za ratni zločin nad civilnim stanovništvom prilikom intervencije JNA u Sloveniji 1991.godine.
Trifunovićeva golgota počela je 22. septembra 1991. godine kada je predao kasarnu u Varaždinu u Hrvatskoj sa velikom količinom naoružanja, među kojim su bili i tenkovi, kako bi spasao 280 vojnika i oficira, dok su mu žena i deca bili taoci. Govorio je da je to uradio da bi spasao mlade vojnike. Niih je tada autobusima, uz hrvatsku pratnju doveo do granice sa Srbijom.
Trifunović je tvrdio da je podređenima izdao zadatak da onesposobe tehniku i borbena sredstva i da neprijatelju nisu ostavili gotovo ništa.
U Beogradu je 1995. osuđen za izdaju, na 11 godina zatvora, u trećem sudskom procesu, da bi ga posle snažnog pritiska javnosti tadašnji predsednik SRJ Zoran Lilić abolirao 1997. godine. Vrhovni sud Srbije je 2010. godine ukinuo presudu protiv njega i grupe njegovih oficira. Ipak, proveo je tri godine u Zabeli, a kazna mu je prethodno bila smanjena na sedam godina.
Trifunović je tada izjavio da nije kriv i da očekuje punu rehabilitaciju. On je rekao i da se nada da će se slučaj razrešiti do kraja.
- Kad se sve ovo završi, tražiću punu rehabilitaciju i da država prizna svoju grešku, a institucije da nadoknade sve što sam izgubio za ovo vreme - rekao je Trifunović 2010. godine i dodao da se oseća kao nevin čovek i da se nada da će biti dokazano da je sve što je činio bilo u skladu sa vojničkom etikom i sa "svesću komandanta".
Istovremeno, general bivše JNA ocenio je da su 19 godina on i njegova porodica bili progonjeni.
Okružni sud u Varaždinu ga je 1993. godine pravosnažno osudio za ratni zločin na varaždinskom području, ali je županijski sud u Varaždinu na njegov zahtev 2013. odlučio da obnovi postupak, na Trifunovićev zahtev.
- Trifunović je osuđen na obe strane za potpuno različite stvari, što je apsurd cele situacije. U tri države bivše SFRJ je osuđen ili krivično gonjen - naveo je pre šest godina njegov branilac i izrazio nadu da će na kraju Trifunović u Srbiji uskoro biti rehabilitovan, a u Hrvatskoj oslobođen optužbi.
Tokom devedesetih, često su se čule teze da je Trifunović predajom Varaždinskog korpusa omogućio hrvatskoj strani da za vreme rata dođe do nekoliko desetina tenkova, što je kasnije iskorišćeno za ubijanje srpskog življa u Hrvatskoj.
Objavio je tri knjige o svom slučaju "Moja borba za istinu", "Buđenje savesti - u borbi za istinu i pravnu državu" i "Neću milost".