Anatema na patrijarha
Kada je Dušan Nemanjić osvajanjem grčkih zemalja znatno proširio granice Srbije, odlučio je da se proglasi carem. Učinio je to mimo volje Carigrada i Vaseljenske patrijaršije, a kako cara može da kruniše samo patrijarh, on je odlučio da novog arhiepiskopa Srpske crkve popne na vrh pravoslavne lestvice.
Bio je to Joanikije Drugi.
Njega su 1346. za prvog srpskog patrijarha podržali Simeon, poglavar Bugarske crkve, Nikola, ohridski arhiepiskop, kao i svetogorsko bratstvo, dok je na patrijarha i cara Dušana vaseljenski patrijarh Kalist poslao anatemu, crkveno prokletstvo.
Joanikije je bio prvi koji na čelo srpske crkve nije došao sa Hilandara. Bio je šef dvorske kancelarije, i poticao je iz plemićke porodice.
Odmah se na novoj dužnosti posvetio preuređenju crkve. Zetska episkopija je uzdignuta u mitropoliju, a on je dao da se grade hramovi Svetom Iliji na Krmilu i Svetom Nikoli na Tavoru. Pripisuje mu se i da je bio jedan od pisaca Dušanovog zakonika.
Koliko je Joanikije bio sposoban, obrazovan, ali i čovek od velikog poverenja srpskog cara govori i to da ga je Dušan Nemanjić najpre uzeo za svog logoteta, šefa dvorske kancelarije, koji se bavio i državnim finansijama.
Jednom prilikom u Prištini, kada je Dušan, tada još kralj, dočekivao grčkog cara Jovana Četvrtog Kantakuzina, na svečanost je pozvan i Joanikije.
Kralj je tada prihvatio na sopstvene ruke nogu arhiepiskopa dok je ovaj sjahivao sa konja, i celivao ga u ruku, moleći blagoslov. Joanikije se 1354. razboleo tokom boravka u manastiru Žiča, gde ga je pozvao car. Umro je u Polumiru na Ibru, na povratku u Peć, i proglašen je za sveca.
