Opservatoriju branio životom
Nesreća je slomila roditelje, a naročito očajnog oca koji je poslat na lečenje u inostranstvo. Po povratku 1884, zajedno sa svojom Tomanijom, potpuno se posvetio naučnim poslovima. Uskoro su, zahvaljujući njemu, u Srbiji počela svečasovna meteorološka merenja, koje je prekinuo tek Prvi svetski rat. Ovako se radilo samo u najvećim francuskim opservatorijama.
U Beču su se, na primer, neposredna posmatranja vremena vršila samo tri puta dnevno, pa je srpska Opservatorija došla na glas najboljih u Evropi, a 1897. organizovana je i mreža meteoroloških stanica u Srbiji.
Neumoran rad Milan Nedeljković je prekinuo tek kada su 1914. godine prve austrijske granate pale na 50 metara od Opservatorije, koju nije napuštao sve do jeseni 1915. kada mu je komanda srpske vojske naredila da smesta napusti Beograd. Prihvatio je ponudu ministra vojnog da uradi novi rečnik šifara. Kraj rata je sa suprugom Tomanijom dočekao na Krfu, gde je bilo sedište srpske vlade.
U Beograd se vratio februara 1919. gde je zatekao opljačkanu Opservatoriju. Iako je imao 62 godine, Nedeljković je sa mladićkim elanom ponovo počeo da diže na noge srpsku meteorologiju, ponovo, kao i mnogo puta do tada, plaćajući troškove iz sopstvenog džepa. U obnovi Opservatorije su mu pomogli svetski naučni autoriteti iz Austrije i Amerike, kao i Jovan Cvijić, profesor Univerziteta u Beogradu i tada već priznata veličina u svetskoj nauci.
Zahvaljujući svom najboljem prijatelju, brižnoj i predanoj supruzi Tomaniji, Milan Nedeljković je doživeo 93. godinu života, upisujući se kao naučnik koji je meteorolozima i astronomima otvorio vrata najviše školske ustanove u Srbiji.
Doživotna asistentkinja
U Meteorološkoj kolekciji Milana Nedeljkovića našli su se i udžbenici koje je pripremio za praktičnu obuku akademaca i asistenata, među kojima mu je glavni i doživotni asistent bila supruga Tomanija. Ona je pomagala u prevođenju udžbenika sa stranih jezika, pratila ga na putovanjima, sređivala meteorološke podatke ulažući sopstveni novac u sve poduhvate.