Krst cara Dušana
Među dragocenostima ovog manastira i danas se čuva krst Dušanov. Srpski monasi su u to vreme bili većina, a danas ih u Filoteju više nema. Najveća dragocenost ovog manastira je ikona Bogorodice koja ljubi Hrista, poznata i kao Glikofilousa.
Za vreme cara Teofila ikonoborca, negde u devetom veku, plemić Simeon je imao veoma pobožnu ženu koja je ovu Bogorodičinu ikonu tajno čuvala u domu. Pošto je pod pritiskom muža i drugih ikonoboraca morala da se od ikone rastane, ona ju je celivala i spustila u more. Preplivavši Egej, ikona je stigla u pristanište manastira Filoteja.
Radostan, iguman načini litiju za čudesnu ikonu obasjanu svetlošću. Na mestu na kojem ju je preuzeo, izbio je izvor lekovite vode, koji još teče. Predanje veli da je ova ikona jedna od sedamdeset koje je živopisao jevanđelist Luka.
Dragulji u riznici
U bogatoj riznici Filoteja Bogorodičina ikona je jedna od najpoštovanijih na Svetoj gori. Drugi dragulj Filoteja je čudotvorna ikona Bogorodice Gerontise, koja je čudesnim putem dospela u manastir iz Nigrite. Riznica Filoteja čuva i čestice Časnog krsta, delove tela Svetog Jovana Zlatoustog i mošti drugih svetitelja.