On je bio ministar hrvatske vlade: Prosuću ti mozak, takve sam ja ubijao po Bosni!?
Naime, Crnoja je 15. juna 1999. u ranim jutarnjim satima na zagrebačkoj autobuskoj stanici napao vozača autobusa Stjepana Horvata koji je trebalo da mu preda kovertu koju mu je poslao brat, piše hrvatski list "Nacional".
Nakon napada Crnoja je pobegao sa autobuske stanice, a vozač je sve prijavio policiji.
Nakon nekog vremena, protiv Crnoje je pokrenut kazneni postupak, ali do ročišta nije dolazilo jer niko nije znao gde se Crnoja nalazi.
Na kraju je celi spor zastario jer se Miji Crnoji dugi niz godina nije mogao uručiti poziv na ročište zbog činjenice da je kao boravišta prijavio adrese na kojima nije živeo.
Inače, hrvatski ministar branitelja Mijo Crnoja podneo je 28. januara 2016. ostavku na tu dužnost posle niza afera koje su o njemu isplivale u javnost od najave registara "agresora i izdajnika", preko izbegavanje plaćanja poreza, do nasilničkog ponašanja.