Zadužbina despota Jovana
Prvi pouzdani podaci o ovom manastiru potiču iz turskih izvora i 16. veka, kada je crkva najverovatnije podignuta. Početkom 18. veka Đipša je zabeležena kao metoh, imanje manastira Kuveždin.
Stara manastirska crkva obnovljena je 1744. godine ktitorstvom Petra Jovanovića, žitelja Novog Sada. Dve decenije kasnije, ktitorstvom monaha Mateja, izgrađena je nova priprata sa zvonikom, nad kojom je obrazovana kapela posvećena Pokrovu Bogorodice.
Ikonostas je rezan 1751. godine u Novom Sadu, a slikao ga je, tih godina, tada poznati živopisac Teodor Stefanović Gologlavac.
Od početka Prvog svetskog rata do 1922. godine manastir Đipša je bio napušten. Samostalnost od Kuveždina dobio je već naredne godine, kada je Kuveždin postao ženski manastir.
Ali, pošto je Kuveždin imao veliki broj monahinja, oko 50, to je Đipša 1933. vraćena manastiru Kuveždinu, pa je i Đipša postala ženski manastir. Pred Drugi svetski rat u njemu je živelo pet monahinja.
Od 1980. godine manastir je naseljen i postepeno se obnavlja. Danas manastir čine crkva Svetog Nikole i jedan spratni konak.
Ustaška pljačka
U manastiru Đipša se čuvalo jedno četvorojevanđelje pisano krajem 15. ili početkom 16. veka. Za vreme Drugog svetskog rata pod upravom NDH crkva manastira Đipše je sravnjena sa zemljom, manastir je teško oštećen, a ikonostas demontiran i odnesen.