Pustinjak i voćnjak
Ipak, prvi pouzdani podaci o ovom manastiru su u turskom popisu iz 16. veka, gde se navodi da ima dva vinograda i jednu livadu. Divša je kasnije bila zabeležena kao metoh obližnjeg manastira Kuveždina.
Stara manastirska crkva je obnovljena 1744. pod pokroviteljstvom Petra Jovanovića, imućnog Novosađanina, a 1741. u manastir je došao pustinjak Matej, koji u veoma kratkom vremenu uspeva da iskrči okolnu šumu i da zasadi voćnjak od čak 2.500 voćki. Tada je podignuta nova priprata sa zvonikom. Ikonostas Đipše je zrađen 1751. godine u Novom Sadu, a oslikao ga je živopisac Teodor Stefanović Gologlavac.
U isto vreme započeta je izgradnja konaka. Crkva i konaci bili su skromni, mada je monaštvo Đipše posedovalo nekoliko stotina jutara zemlje, pa se uz manastir obrazovalo i selo, čiji su stanovnici radili na manastirskim poljima.
Ustaški teror
U doba okupacije i terora Nezavisne Državne Hrvatske, ustaše su srušile crkvu manastira Đipše. Ostale zgrade manastira su teško oštećene, a ikonostas rastavljen i odnesen. U manastiru se čuvalo jedno četvorojevanđelje, pisano krajem 15. veka ili početkom 16. veka.
Od početka Prvog svetskog rata Đipša je bila napuštena, ali je i dalje pripadala Kuveždinu. Tek 1923. proglašena je za samostalan manastir, kada je Kuveždin postao ženski manastir. Kako je Kuveždin imao veliki broj monahinja, pedesetak, to je Đipša 1933. godine vraćena manastiru Kuveždinu, pa je i on je postao ženski manastir. Pred Drugi svetski rat u njemu je živelo pet monahinja. U ratu je opustošen, a ikonostas rastavljen i odnesen. Od 1980. godine ponovo je uspostavljen kao ženski.