Prevara Ferhat-begovića
Prvi pisani pomeni o Papraći nalaze se tek na jevanđelju iz 1551. koje je iguman Grigorije dobio iz Rusije. Tada je od cara Fjodora Prvog Ivanoviča stiglo na dar i 120 rubalja za gradnju crkve, pa se ova godina smatra osnivačkom za manastirsku crkvu.
Od tog doba počinje i prepisivanje crkvenih knjiga. Arsenije iz Papraće, bogat i ugledan čovek, pozvan je iz današnje Srbije da pomogne gradnji čuvenog manastira Tronoša. Ojačala je saradnja i sa Rusijom pa je 1588. bratstvo Papraće od ruskog cara dobilo novac i tkanine, a dragocenosti su dobijali i potonji igumani.
Papraća je, međutim, opustela posle austrijsko-turskog rata sa početka 18. veka. Napušteni metoh dobio je spahija Ferhat-beg koji je pobegao iz okoline Budima. Predanje kaže da su potomci ovog bega dugo živeli u Papraći i da je jednom prilikom jedan od njih, dok je boravio u Carigradu kod sultana, svoju porodicu poverio na brigu igumanu Arseniju.
Kapetan Mišine ikone
Veliki broj vrednih ikona nalazi se u papraćkoj crkvi i u konaku, i to su uglavnom dela srpskog ikonopisa 19. veka. Tu su i prestone ikone Hrista Pantokratora i Bogorodice sa Hristom-detetom, rad Milije Markovića iz Beograda u ulju na platnu. Ikone je priložio kapetan Miša Anastasijević, čuveni srpski zadužbinar iz Beograda 1857. godine.
Međutim, sultanu se požalio da se u Bosni od "popova i kaluđera ne može živeti" i da su mu oni ugrabili porodicu. Sultan mu dade vezira Ćuprilića sa 300 vojnika koji su pobili papraćko bratstvo, a manastir opljačkali i spalili, pa je i ostali pravoslavni narod morao da beži u Srbiju. Pošto je Omer-paša Latas, bivši Srbin iz Like, skršio ustanak bosanskih begova, od 1853. obnovu manastira je počeo hadži-Zaharija Popović, sveštenik iz Osmaka, zvonom donetim iz Rusije. U Papraći je 1905. arhimandrit Danilo Bilbija sagradio novi konak i školu.