Stepinac na čelu katoličke crkve nije samo glavni ideolog ratnog zločina već on stvara organizacijsku i kadrovsku snagu NDH.
Dio zapisa Jakova Blaževića, nekadašnjeg javnog tužioca NR Hrvatske, iz 1985. o Stepinčevoj neprekidnoj odanosti ust,aškoj državi, čak i nakon njene propasti i agitacijskoj ulozi Crkve u služenju nac,ističkog i us,taškog ratnog stroja, od Njemačke, Istočnog fronta do Hrvatske.
U četvrtak, 10. aprila u 16 sati Kvaternik proglašava Nezavisnu državu Hrvatsku. Maček proglasom poziva hrvatski narod da se pokorava faš,ističko ust,aškim vlastima. Stepinac zapisuje u svoj dnevnik: „Veliki četvrtak. Današnji dan je prekretnica u životu hrvatskog naroda. Jugoslavija se raspada, a Hrvatska postaje nezavisnom državom . . .". A zatim dodaje: „Narod je proglašenje primio sa velikim oduševljenjem, te su bile odmah izvješene hrvatske zastave. Isto tako narod je njemačkoj vojsci pripremio srdačan doček". (IV knjiga Dnevnika str. 190.)
Eto intelektualnih, moralnih i političkih horizonata tog studenta agronomije i doktora filozofije i teologije. On nezavisnost i nije u stanju da sagleda drugačije, nego pod vatikanskom duhovnom knutom i okupatorskom čizmom. Uz služenje Bogu i ljekoviti balsam molitve, veleizdaja je logičan i neminovan, voljom Svevišnjeg i unutrašnjim diktatom, dirigirani postupak. Uostalom da mu moralni i politički portret nije odgovarao kriterijima Grada Pastira Gospodnjeg, on nikada ne bi ni postao nadbiskupom.
U vatikanskoj kadrovskoj politici tog vremena prolaze samo oni koji su spremni svim sredstvima moralnog, političkog i vjerskog uticaja da se bore protiv svega što ima veze sa marksizmom i komunizmom, protiv svega što bi moglo ugroziti klasni poredak stvari i imetak i interese rimske katoličke crkve, protiv svega što je u povjesnom kontinuitetu stoljetne borbe hrvatskog naroda za slobodu.
U subotu 12. aprila Kvaternik imenuje vladu i ministre. Na uskršnju nedjelju Pavelić dolazi u Karlovac. Tamo sa svojom grupicom ust,aša čuči do utorka, čekajući da se Maček i Stepinac konačno dogovore sa specijalnim izaslanikom Fürera i Ribbentropa, Edmundom Veesenmayerom o svim modalitetima „nezavisnosti". U utorak Pavelić stiže u Zagreb.
Stepinac sa neskrivenim oduševljenjem pozdravlja Pavelićevu Nezavisnu državu Hrvatsku, sastaje se sa ust,aškim prvacima, Žanićem, Kvaternikom, Pavelićem, razvija prous,tašku propagandu, organizira svečane prijeme, prisustvuje svečanim priredbama i paradama. Usta,ške „Hrvatske novosti" (u uskršnjem broju od 1941. godine) konstatiraju da je „ . . . uspostavljena uska suradnja između us,taškog pokreta i najviših predstavnika rimokatoličke crkve i vlasti u državi Hrvatskoj". Crkvene institucije i župni uredi postaju instrument režima spreman za „Dom i Poglavnika". U uskrsnoj nedjelji 1941. godine Divi Filius nije Isus Krist, nego Ante Pavelić.
Stepinac je u svojoj poznatoj Poslanici, koja je krajem travnja 1941. godine brujala iz „krugovala" i javnih razglasa, zaklinjući se Poglavniku, pozvao svećenstvo na uzvišeni rad na očuvanju i unapređenju NDH i objašnjavajući da je NDH „Ruka Božija na djelu" tražio da se moli za najvećeg krvnika hrvatskog i srpskog naroda. / Njegov, Kolarekov i Penićev „Katolički list" (kontinuitet njegova imena danas čuva „Glas koncila" — u podnaslovu Katolički tjednik) objavljuje „Načela us,taškog pokreta iz 1933. god., da „čitatelji upoznaju osnovnu liniju po kojoj se upravlja život u NDH".
Taj isti „Katolički list" (Zagrebačke nadbiskupije) u rubrici „Crkvene vijesti" kasnije će u sljepilu antikomunističke histerije, objavljivati imena lica nad kojima je pokretni prijeki us,taški sud izricao smrtne kazne. Stepinac je odobrio prisustvo svećeničkih delegata u Pavelićevoj pratnji, kada je Musoliniju i faš,ističkoj Italiji sredinom maja predao Dalmaciju i otoke . . .
U lipnju 1941. on dovodi Paveliću cijeli hrvatski episkopat ispred crkve Sv. Marka „pozdravljajući ga od srca kao državnog glavara s obećanjem iskrene i lojalne suradnje". Vjenčava, sahranjuje i propovijeda ust,aškim prvacima. Katolička akcija sa Stepincem na čelu pomaže ust,aške vlasti, a Križari kao najbrojnija organizacija Katolitičke akcije, daju najviše „dobrovoljaca" za istočni front.
Stepinac je u srpnju 1941. primio iz Rima akt o pokrštavanju Srba. Još ranije Srbi se pozivaju pamfletom iz biskupske štamparije, da napuste pravoslavlje. Iza zločinstava pokrštavanja stati će na način koji jedva poznaje i mračni Srednji vijek — vrh Katoličke crkve u Hrvatskoj sa Stepincem na čelu, a prećutno Rimska kurija, koja nikada nije intervenirala, da se stane sa zvjerstvima. Naime , 17. novembra 1941. plenum Biskupske konferencije izabrao je tzv. Odbor trojice na čelu sa Stepincem, za Hrvatsku i Bosnu i Hercegovinu i osnovao radni izvršni odbor, da provodi pokatoličavanje u dogovoru sa ust,aškim ministarstvom pravosuđa i bogoštovlja.